Ocorrendo no ano de 2014, Ghost Recon: Advanced Warfighter 2 encontra a equipe combatendo rebeldes do México, na fronteira dos EUA entre El Paso e Juárez. Para evitar um iminente ataque em solo americano, os jogadores precisam levar uma equipe de quatro homens em uma campanha de 11 missões, com as batalhas ocorrendo em regiões montanhosas, desertos, zonas rurais e pequenas cidades. Um motor de gráficos sofisticados incorpora elementos como tempo real ciclos de dia e de noite, um sistema de meteorologia e ambientes destrutíveis.